En un primer nivel, el Plan Integral parte de entender el yacimiento de Clunia no solo como un elemento aislado dentro de un territorio, sino como un complejo sistema en el que confluyen las tensiones territoriales, permitiendo lecturas dobles, de adentro hacia fuera y de afuera hacia adentro. De esta manera, el Plan Integral explica Clunia desde el exterior, desde el paisaje que configura, con objeto de incorporar al valor del Bien de Interés Cultural el territorio que lo justifica, su paisaje y sus recursos culturales.

Por esta razón el Plan Integral se mueve en un ámbito exterior, organizando todos los elementos significativos del paisaje que rodea el yacimiento, con sus valores culturales, históricos, patrimoniales. Se crean sistema de recorridos exteriores, puntos de visión lejana, de identificación del cerro de Clunia y de sus restos desde el paisaje, implicando a una zona muy amplia a su alrededor. De esta forma se persigue una presencia continuada del yacimiento en el paisaje amplio dentro del cual se ubica, cualificando de manera muy especial todo lo que le rodea.

En un segundo nivel, el Plan Integral se centra en el propio cerro y en la forma en cómo intensificar el valor de los restos arqueológicos aprovechando todos los recursos internos, complementando lo existente y creando nuevos recorridos de valor paisajístico, cultural, geomorfológico, etc. De este modo el cerro de Clunia se valora por completo, desde su configuración geográfica, con la presencia subterránea de Cueva Román, de los pozos, etc., hasta el reconocimiento de todas las huellas que la historia ha ido dejando en él.

Todo ello permite un aprovechamiento muy eficaz de todos los valores y recursos del lugar, creando itinerarios de todo tipo a partir de los restos existentes, incluyendo itinerarios que planteen una visión de los elementos y sistemas ubicados en los alrededores del cerro, con un sentido amplio del lugar, mediante una secuencia de miradores que generan una red que sistematiza los diferentes recorridos por el cerro.

En un tercer nivel, el Plan Integral define una nueva estrategia de organización del yacimiento a través de una secuencia continua de todos los restos arquitectónicos, que articula las relaciones entre el área de recepción de visitantes, el teatro y todas las estructuras de la parte superior del cerro, hasta completar una conexión total de los restos y de su arquitectura en el paisaje.

En la parte inferior del yacimiento se propone la creación de un nuevo acceso desde la carretera, con la construcción de un aparcamiento exterior de apoyo y otro aparcamiento de visitantes interior, en forma de paseo verde que lleva hasta un nuevo Centro de Recepción de Visitantes, desde el cual se puede conectar, cómodamente, con el Teatro Romano, para desde allí continuar el recorrido hasta la parte superior del yacimiento, en una secuencia narrativa sin solución de continuidad.

La carretera existente que sube hasta la parte alta del yacimiento se deja como un elemento de servicio y se crea un nuevo paseo peatonal, como continuación del eje del Teatro, apoyado en un nuevo aparcamiento de visitantes, con pabellón de guardas y servicios, entre el Teatro y las Termas, que genera una nueva centralidad funcional en el yacimiento y permite un mejor reconocimiento del hecho urbano de la antigua ciudad. Desde el pabellón de guardas y servicios se construye un camino que lleva al visitante hacia las Termas, señalando la posible situación de una calle. Este camino entra por la parte de atrás de Los Arcos I y deja a la izquierda Los Arcos II. El recorrido permite la visita a ambas termas.

En la parte superior del cerro se reorganizan todos los recorridos, enfatizando el concepto de calle y de espacio urbano, para que ayuden a entender mejor la traza original de la ciudad romana y hacerla más visible para el visitante actual; como parte importante se señala sobre el lugar la posición subterránea del Santuario de Cueva Román, introduciendo una información muy interesante para el recorrido del espectador.

Se propone un pabellón para la protección de los mosaicos de la Casa Taracena, que permita hcerlos visitables durante todo el año, creando un importante punto de referencia arquitectónico en la parte alta del yacimiento. Este pabellón, totalmente accesible para discapacitados, se llevaría a dos de los bordes, permitiendo que el visitante acceda por lo que en su día fuera la entrada principal, mediante un sistema de pasarelas y plataformas sobre un patio con criptopórtico y cisterna, uno de los elementos más singulares de la casa. El pabellón podrá incluir espacios de exposición y venta, almacén, espacio para los guardas y guías, de manera que ofrezca un servicio completo en la zona alta del yacimiento.

Se plantea también una adecuación importante del Foro, así como de todos los recorridos entre los elementos que lo rodean, con la reconstrucción de algunos elementos, incluidas algunas columnas del pórtico. El criterio general es trabajar con la mitad del Foro y hacerlo visible y reconocible, sin necesidad de reconstruir la otra mitad desaparecida; se trata de una estrategia efectiva y sostenible, que evita caer en cualquier tipo de pastiche al no tener información suficiente de las partes desaparecidas. Se trata realmente de un criterio de proyecto arquitectónico que hace visible el trazado arqueológico.

Por otra parte, se proponen intervenciones y elementos de protección y visita en algunas de las casas y estructuras en torno al propio Foro, como la Casa III o el Edificio Flavio, de gran interés formal y arquitectónico.

Con todas las intervenciones propuestas se consiguen logros tan interesantes como hacer accesible a discapacitados toda la parte superior del yacimiento incluyendo la casa Taracena, el Foro, incluyendo una vía que lleva al espectador hasta el borde del cerro para contemplar desde el frente las casas colgantes o aterrazadas de Cuevas Ciegas, uno de los elementos que se pretende revalorizar por completo en este plan, convertido en un nexo importante entre el yacimiento y el paisaje del cerro y del exterior del mismo.

Desde el Mirador de Cuevas Ciegas se bordea la vaguada para acceder por arriba a las interesantes Casas Colgantes de Cuevas Ciegas; se le da este nombre porque se trata de un conjunto de casas colocadas al borde de la cornisa, mirando hacia el paisaje.

Se trata de uno de los conjuntos más singulares de Clunia, por su posición en el paisaje y su control visual del mismo, así como por su organización tipológica. Por esta razón el Plan considera que en la actualidad se trata de un complejo poco valorado y de difícil lectura para el visitante, y que necesita una intervención importante. Se plantea la reconstrucción de las plataformas exteriores de las casas, para recuperar al completo, en la medida de lo posible, la geometría original que permita al visitante entender su peculiar posición. Se realizará también un relleno de tierras y gravas que permita diferenciar a la perfección los distintos espacios y permita organizar la visita por el exterior y por el interior de las casas.

El Plan atiende a las necesidades de investigación y de difusión o de transferencia de los resultados, como pasos necesarios para la revitalización del yacimiento, para que se convierta en un laboratorio vivo de experimentación en diferentes campos. En este sentido el Plan Integral propone diferentes tipos de recorridos para las visitas, incluyendo los recursos ambientales o de la propia memoria del lugar, como la puesta en valor de la vía para vagonetas construida en la década de 1930 para mover la tierra resultante de las excavaciones en la Casa de Taracena.

Finalmente, el Plan propone la realización de un convenio entre la Junta de Castilla y León y la Diputación Provincial de Burgos para su desarrollo, así como la creación de una Comisión de Seguimiento que articule la iniciativa de todas las acciones, desde las intervenciones arquitectónicas y arqueológicas hasta las tareas de investigación y transferencia.